Setelah dampak kedua, semua yang tersisa dari Jepang adalah Tokyo-iii, sebuah kota yang diserang oleh makhluk raksasa yang berusaha untuk memberantas jenis manusia, yang disebut Malaikat. Setelah tidak melihat ayahnya selama lebih dari delapan tahun, Shinji Ikari menerima panggilan telepon di mana ia diberitahu untuk segera datang ke Markas NERV, sebuah organisasi yang berurusan dengan penghancuran Malaikat melalui penggunaan mechs raksasa yang disebut Evas. Tujuan Shinji adalah untuk mengemudikan Eva Unit 01 saat bekerja sama dengan airplane pilot Eva Unit 00, Ayanami Rei.
Advertisement